En abril de 2004, el Villarreal ficha al entrenador chileno Manuel Pellegrini, procedente del River Plate argentino. También hacía su debut en Primera División el técnico, Diego Martínez, camiseta de españa siendo el entrenador más joven de entre los que se encontraban en la categoría. Bajo el mando de Pellegrini y tras una gran segunda vuelta de campeonato, el Submarino Amarillo logra el tercer puesto de la liga en la temporada 2004-05, solo por detrás del F. C. Barcelona y del Real Madrid, equipacion de españa mundial 2022 y con Diego Forlán como Pichichi de la temporada y Juan Román Riquelme como el mejor jugador del equipo.