El 31 de agosto de 2016, en el último día de fichajes de Europa, Fernández es cedido a préstamo al AC Milan, por petición del técnico rossonero Vincenzo Montella, equipacion españa 2022 con quien además coincidió en el club toscano. Mejora la imagen, el compromiso y el rendimiento del equipo, plantando cara y venciendo a rivales fuertes, pero sin llegar a alcanzar puestos europeos, quedando finalmente 8.º en la clasificación, y quedándose a las puertas de disputar la final de la Europa League.
