En la campaña siguiente concluye 15.º y el Villarreal disputó su primera competición internacional: la Copa Intertoto, que daba una plaza en la Copa de la UEFA, camiseta de españa cayendo en una de las finales ante el Málaga C. F.. En la temporada 2002-03, el equipo nuevamente acabó 15.º en liga, pero la disputa de la Intertoto al término de la temporada les aupó como campeones de la misma (tras superar en la final al Sportclub Heerenveen neerlandés por 1-2 en la ida y 0-0 en El Madrigal), por lo que el Villarreal consiguió su primera clasificación para disputar la Copa de la UEFA.
